Als het voedsel de snavel gepasseerd is komt het in de mondholte terecht waar de speekselklieren het voedsel vochtig maken. De tong brengt het voedsel naar de slokdarm. De spijsvertering is dan nog niet opgang gekomen omdat in tegenstelling tot de mens het speeksel van een vogel geen enzymen bevat. Via de slokdarm gaat het voedsel naar de maag. Het kan ook omgekeerd van de maag via de slokdarm naar de snavel om bijvoorbeeld de jongen te voeden. Ook de niet verteerbare resten kunnen vanuit de maag worden teruggestuurd. Dit gebeurt meestal in de vorm van een braakbal. Bij veel vogels heeft de slokdarm een nevenfunctie. Er wordt daar tijdelijk voedsel opgeslagen. De wand is erg rekbaar en daardoor kan er heel wat voedsel worden bewaard. Dit doen bijvoorbeeld meeuwen, eenden, uilen, spechten en veel zangvogels. Andere soorten bewaren het voedsel in een speciaal zakje in hun slokdarm, namelijk de krop. Bij hoenderachtige en duiven bestaat de krop uit twee grote zakvormige delen. Het zit op de plaats waar de hals overgaat in het lichaam. Een krop fungeert als doorgeefluik naar de maag. Het voorziet de maag gelijkmatig van voedsel en dat is belangrijk voor een goede spijsvertering. Veel vogels kennen perioden waarin ze in korte tijd een grote hoeveelheid voedsel oppikken. Daarna moeten ze wachten tot er zich weer een nieuwe kans voordoet. Het voedsel kan wel een dag in de krop worden bewaard. Als er na enige tijd van vasten weer wordt gegeten dan is de toegang tot de krop afgesloten, zodat eerst de maag zich kan vullen. Pas als deze vol is, wordt de krop als opslagplaats gebruikt.

Een andere taak van de slokdarm is het opslaan van voedsel voor de jongen. Soms wordt dit al in de krop voorverteerd. Veel roofvogels voeren hun jongen met voedsel dat zolang bewaard is in de slokdarm. Ook de krop van de duiven heeft een belangrijke functie bij het voeden van de jongen. Daar wordt namelijk duivenmelk geproduceerd. De melk bestaat uit voedzame cellen die door de wand van de krop worden afgestoten. De cellen zijn opgezwollen en bevatten veel vet.

Een vogelmaag bestaat uit twee delen, namelijk de spiermaag en de kliermaag. De kliermaag bevat weinig spieren. Bij grote eters, zoals viseters, heeft hij een grote inhoud. Door de maagklieren worden twee soorten stoffen gemaakt. De ene dient waarschijnlijk als bescherming, omdat het allerlei binnengedrongen ziektekiemen kan doden, en in de andere zitten enzymen die beginnen met de vertering van eiwitten. De maag heeft tenminste vijf taken:

  • Er wordt voedsel bewaard. De spieren zorgen ervoor dat het wordt gemengd met de spijsverteringsappen uit de kliermaag.
  • Bij vleeseters worden er eiwitten in verteerd.
  • De spiermaag heeft een maalfunctie, namelijk het voedsel wordt zodanig bewerkt dat het geschikt is om aan de darmen te worden doorgeven.
  • Het geeft het voedsel in kleine porties door aan het darmkanaal via een sluitspier die portier wordt genoemd.
  • De spiermaag werkt als een filter voor die stoffen die niet verteerd kunnen worden.

Voor het bewerken (het kneden) is een stevige spierwand noodzakelijk. Er zijn zaadeters die de zaden niet eerst pellen, zoals bijvoorbeeld bij vinken. Bij deze vogels is de binnenkant van de maag hard en stevig. Er zijn richels en knobbels aanwezig, bestaande uit hoorn, die het voedsel malen. En als dit nog niet genoeg werkt, worden er steentjes ingeslikt die een handje helpen. De levende molen is in staat om ook de hardste schaal fijn te krijgen. Het spreekt vanzelf dat de maagwand te lijden heeft van deze mechanische arbeid. Zo nu en dan wordt hij in zijn geheel vervangen. De oude wand verdwijnt via de slokdarm en de bek, of via de endeldarm en de cloaca uit het lichaam.

Als het eten in de maag verteerd is gaat het naar het darmkanaal. In een deel van het darmkanaal (twaalfvingerige darm en dunne darm) worden nieuwe spijsverteringssappen aan de voedselmassa toegevoegd. De vertering gaat verder en het verteerde voedsel kan via de darmwand in het bloed worden opgenomen.  Via de endeldarm en de cloaca wordt het niet verteerde materiaal uitgescheiden. De cloaca is een gemeenschappelijke opening voor de afvalstoffen van het darmkanaal, de urineleider, en van de producten van het voorplantingsorganen. De afvalstoffen zijn ontdaan van vocht. De ingedikte urine komt vaak gelijktijdig naar buiten. Het is te herkennen als een wit kapje van afvalzouten op de zwarte uitwerpselen van de darm.

Vogels hebben veel energie nodig en wordt dan ook nogal wat van de stofwisseling gevraagd. Vleesetende vogels verteren veel voedsel en doen dat met grote snelheid. Zaadeters hebben een lang darmkanaal en hebben minder tijd nodig om grote hoeveelheid voedsel te verwerken. Besseneters breken alle records als het gaat om een snelle spijsvertering. Zoals een pestvogel kan deze vijftien minuten na het inslikken van een bes de pit alweer uitwerpen. Het lijkt wel of alle vogels aan de ene kant voortdurend voedsel opnemen en terwijl ze aan de andere kant uitwerpselen produceren. Soms is dit wel handig om bijvoorbeeld bij het verdedigen van het nest of van de jongen. Iedereen die in een meeuwenkolonie is geweest, kan daar over meepraten, de indringers worden getrakteerd op een enorm bombardement van uitwerpselen.